Du hast das Problem schon selbst erkannt und die Lösung liegt auf der Hand. 

Wenn du Objekte Worksheets, range, cells, ansprichst ohne davon die Arbietsmappe zu referenzieren oder bei Range und Cells das Arbeitsblatt plus Mappe. dann wird immer das Aktive Workbook darin das aktive Blatt, als Quelle vermutet.  

Vermutlich hast du schon einiges an Code dir zusammen gefragt und gesucht. Da verwundert es das du jetzt erst auf dieses Probelm gestossen bist. 

Informiere dich im Netz wie man Objekte ordentlich referenziert und schreibe deinen, uns unbekannten Code, um.