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Du arbeitest mit verschachtelten Schleifen. Hier mal die Anzahl der Gesamt-Schleifendurchläufe für deine Beispielzeilen. Ich gehe von den Worst Case Szenarien aus, in denen auch die m Schleife alle Anzahlen von Zeilen durchlaufen muss.
5 Zeilen: i = 3, k = 3, m = 3 --> 3*3 + 3*3 = 18 Schleifendurchläufe
1.000 Zeilen: i = 998, k = 998, m = 998 --> 998*998 + 998*998 = 1.992.008 Schleifendurchläufe
5.000 Zeilen: i = 4.998, k = 4.998, m = 4.998 --> 49.960.008 Schleifendurchläufe
16.000 Zeilen: i = 15.998, k = 15.998, m = 15.998 --> 511.872.008 Schleifendurchläufe (in Worten: Über eine halbe Milliarde)
Verschachtelte Schleifen mit so vielen Durchläufen dauern nunmal lange. Dann kommt es natürlich noch drauf an, was in den Schleifenkörpern für Code ausgeführt wird. Da ich nicht weiß, was du eigentlich erreichen willst, kann ich da auch nix optimieren. Du solltest aber versuchen die Schleifenverschachtelung loszuwerden oder wenigstens die Durchläufe der inneren Schleifen zu verringern.
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